L'Assemblée Générale de la Fédération des Centres de Planning et de Consultations (FCPC) est composée de tous les centres affiliés et de deux mandats représentant la Mutualité chrétienne (MC). Les orientations et prises de positions de la FCPC sont bien concertées dans le respect des valeurs défendues par la fédération et dans le respect des sensibilités et réalités des centres affiliés.
Le Conseil d'administration est composé de neuf personnes représentant une partie des centres affiliés et la Mutualité chrétienne.