La FCPC a pour missions :
- la défense politique des centres et du secteur;
- la représentation des centres affiliés auprès des instances politiques et administratives. Elle informe les centres par rapport aux enjeux politiques et sectoriels en contribuant à la visibilité des centres, de leurs actions et de leurs spécificités.
- la coordination des centres. La FCPC est un lieu de coordination, d’échange, de parole et de partage d’expériences (accueil, travail pluridisciplinaire) pour les travailleurs et responsables des centres. La FCPC propose aux centres de participer activement à une réflexion sur les questions éthiques. La FCPC est soucieuse de l’évolution des demandes des usagers. Avec les centres, elle propose des stratégies pour une action adaptée.
A travers ces trois missions, la fédération est associée et participe à une série de plateformes (EVRAS, Abortion Right!, Loveattitude, groupes de travail, etc.). Le point sera régulièrement fait sur les actualités et positions prises par la FCPC pour les matières qui la concerne dans le respect de ses valeurs et celles des centres affiliés.